Beschrijving
Er is plotseling een mysterieus zwevend eiland verschenen boven het vreedzame Yoshi’s Island. Kort na de verschijning van dat eiland verdwijnt een stel kinderen van het eiland.
Gelukkig zijn Baby Mario, Baby Peach en Donkey Kong niet ontvoerd en samen met Yoshi gaan ze op zoek naar de ontvoerde kinderen en het misterie van het eiland dat boven hen zweeft.